اشترك بالحزمة الذهبية واحصل على وصول غير محدود شمرا أكاديميا
تسجيل مستخدم جديددراسة مقارنة لخصائص جزر الCpG المكتشفة باستخدام أداتي newCpGReport و CpGCluster
A Comparative Study of CpG Islands Detected by Different Tools: Newcpgreport and CpGCluster
1306
0 25
0
(
0
)
نشر من قبل
جامعة دمشق ورقة بحثية
تاريخ النشر
2012
مجال البحث
هندسة الأجهزة الطبية
والبحث باللغة
العربية
تمت اﻹضافة من قبل
Shamra Editor
اسأل ChatGPT حول البحث
تؤدي جزر الCpG دوراً مهماً في تنظيم عملية نسخ الجينات. و يعود ذلك لتراكب عدد كبير من هذه الجزر مع محفزات نسخ الجينات. إِذ إن مْثيلة الجزر الموجودة في منطقة المحفزات يمكن أن يعطل عملية نسخ الجين المسؤول عنه هذا المحفز. و من أهم هذه الحالات تعطل الجينات المثبطة لتطور الأورام السرطانية, فقد بينت العديد من الدراسات أن مثيلة جزر الCpG هو من العلامات المهمة على وجود السرطان أو إمكانية تطوره. وانطلاقاً من أهمية جزر CpG, فقد طُورت عدة خوارزميات للكشف عنها في سلاسل النكليوتيدات. و تقسم هذه الخوارزميات بشكل عام إلى نوعين رئيسين و هما: الخوارزميات التي تعتمد على المسافة, و من أهمها خوارزمية (CpGCluster), و الخوارزميات التي تعتمد على النافذة المنزلقة و منها (newCpGReport).إلا أن هناك بعض الاختلافات في نتائج تطبيق كل من هاتين الخوارزميتين، لذلك فإن هدف هذه الدراسة هو مقارنة أداء كل من الخوارزميتين السابقتين. كُشف عن جزر الCpG الموجودة على الصبغي 22 عند الإنسان من خلال تطبيق كلتا الخوارزميتين على هذا الصبغي. و قد أظهرت النتائج وجود اختلاف واضح بين عدد الجزر المكتشفة في كلتا الخوارزميتين، فضلاً عن وجود تباين في طول الجزر المكتشفة. كما أظهرت النتائج وجود تقاطع بين نحو 60 % من الجزر المكتشفة في كلتا الطريقتين.درِس في هذا البحث تأثير قيم بارامترات جزر الCpG و هي الطول و محتوى C+G content) C+G) و نسبة الملاحظ/المتوقع في عدد الجزر المكتشفة. و تبين أن لعتبة الطول تأثيراً كبيراً في عدد الجزر المكتشفة باستخدام newCpGReport, على عكس خوارزمية CpGCluster التي لا يتأثر أداؤها بعتبة الطول. كما درِس تأثير جعل الجزر المكتشفة باستخدام newCpGReport تبدأ و تنتهي بزوج النكليوتيدات CpG, و كانت النتيجة زيادة قيم كل من بارامتري المحتوى و نسبة الملاحظ/المتوقع لنسبة كبيرة من الجزر، مع الأخذ بالحسبان انخفاض طول نحو 25 % من الجزر إلى ما دون 200 نكليوتيد.
CpG islands play an important role in genes transcription regulation, due to the fact that these islands overlap with the genes’ promoter regions, and the methylation of those CpG islands may repress the transcription of the associated genes. Previous studies reported that methylation of CpG islands is an important indicator of the presence and possibility of developing cancers. There are mainly two types of algorithms to identify CpG islands in the nucleotides sequences: distance-based and sliding-window algorithms. The outputs of these algorithms are different for the same nucleotide sequence. The aim of this study is to compare the performance of the above mentioned algorithms by using two web tools named CpGCluster and newCpGReport. CpG islands in human chromosome 22 were identified by applying the two algorithms on this chromosome, and the variation in the number and length of the identified islands was clear. The results also show that about 60% of both tools’ output is crossed. Moreover, the effect of the traditional parameters of CpG islands (length, C+G content and Observed/expected ratio) on the number of the identified islands was studied. The results show that the length parameter has a great effect on the number of islands identified by newCpGReport, while it does not affect CpGCluster’s performance. The effect of making CpG islands identified by newCpGReport start and end with CpG was also studied, due to this operation C+G content and Observed/expected ratio increased for most islands, taking into account that 25% of the islands became shorter than 200 nucleotides.
المراجع المستخدمة
Illingworth R.S., Bird A.P., (2009), “CpG islands – ‘A rough guide’”, FEBS letters, Vol. 583, p.p. 1713-1720
Hou P., Ji M., Liu Z., Shen J., Cheng L., He N., Lu Z., (2003), “A microarray to analyze methylation patterns of p16Ink4a gene 5’-CpG islands”, Clinical Biochemistry, Vol. 36, p.p. 197-202
Bastian P.J., Yegnasubramanian S., Palapattu G.S., Rogers C.G., Lin X., De Marzoa A.M., Nelson W.G., (2004), “Molecular Biomarker in Prostate Cancer: The Role of CpG Island Hypermethylation”, European Urology, Vol. 46, p.p. 698-708
قيم البحث
اقرأ أيضاً
تمثل قدرة التنقيب في المعطيات ( Data Mining ) على استخلاص معلومات تنبوئية من قواعد معطيات ضخمة أداة فعالة في يد الشركات و الأفراد تتيح لهم التركيز على النواحي التي تهمهم من المعطيات الضخمة التي تولدها مسيرة عملهم اليومية. و مع تزايد أهمية هذا العلم ت
زايدت بشكل متسارع الأدوات التي بنيت لتطبيق مفاهيمه النظرية بأسرع ما يمكن , حتى غدا من الصعب اتخاذ القرار حول أي من هذه الأدوات هو الأمثل لأداء مهمتك المرجوة. تقدم الدراسة مقارنة بين أداتي التنقيب في المعطيات الأكثر استخداما وفقا لاستطلاعات الرأي و هما Rapidminer و لغة البرمجة R بهدف مساعدة الباحث أو المطور على اختيار الأنسب بينهما. اعتمدت المقارنة على سبعة معايير : منصة العمل , الخوارزميات المضمنة, الصيغ المتاحة للدخل و الخرج , إمكانية التمثيل الرسومي , تقييم المستخدمين , البنية و امكانيات التطوير , الأداء بتطبيق مجموعة من خوارزميات التصنيف على عدد من مجموعات البيانات ( data set ) و باستخدام تقنيتي تقسيم cross validation و hold-out للتأكد من النتائج . من خلال الدراسة تبين أن R هي الأداة التي تدعم أكبر عدد من الخوارزميات و صيغ الدخل و الخرج و التمثيل الرسومي بينما تفوق Rapidminer من حيث سهولة الاستخدام و دعمه لعدد أكبر من منصات العمل. أما من حيث الأداء فدقة المصنفات التي بنيت باستخدام مكتبات كانت أعلى إلا في بعض الحالات التي فرضتها طبيعة المعطيات حيث لم يضف أي مرحلة معالجة مسبقة. و أخيرا يغدو الخيار في تفضيل أي الأداتين معتمدا على مدى خبرة المستخدم و هدفه من استخدام الأداة.
تستخدم حبيبات الفضة النانوية (NPs) في العديد من التطبيقات، و يعود ذلك إلى
خصائصها المميزة الكهربائية و الضوئية و الكيميائية و البيولوجية (مضادة للبكتريا). و في
وقتنا الراهن فقد استخدمت تقنية الطباعة بالأحبار المحضرة من حبيبات الفضة النانوية
في تصنيع دارات الكترونية بتكلفة منخفضة.
تُعرض في هذه الورقة دراسة بمجهر القوة الذرية لأغشية من ZnS وضعت حرارياً بثخانات مختلفة على ركائز زجاجية. سجلت صور طبوغرافية لهذه الأغشية، و جداول تتضمن أهم برامترات معالمها، بمجهر القوة الذرية. ثم كُشف عن تشكل الجزر و نموها في أغشية بثخانات ضوئية مخت
لفة أو في نقاط مختلفة من الغشاء نفسه الذي يفترض تبعاً لطريقة التحضير أنه متجانس الثخانة الضوئية.
و لهذا الغرض أجري تحليل للجزر المتشكلة على سطوح الأغشية من خلال تطبيق برمجية لتجزئة السطح تسمح بالكشف عن المعالم المهمة فيه من قمم و قيعان. كما فرزت تلك الجزر و درس توزع برامتراتها في النقاط المدروسة.
يهدف هذا البحث إلى دراسة ترجمتين مختلفتين لرواية "نساء عاشقات" للكاتب الإنكليزي
د. ه. لورنس و المقارنة بينهما من حيث الاستراتيجيات التي اتبعها المترجمان في ترجمة
هذه الرواية إلى اللغة العربية و المشكلات التي اعترضتهما في اثناء تطبيق هذه
الاستراتيج
يات من خلال تطبيق نظرية للباحث فينوتي و هي (توطين النص المترجم و
إبقاء الصفة الأجنبية في النص المترجم). حيث إن إحدى الترجمتين المختارتين هي
للباحث و المترجم العراقي أمجد حسين، و الأخرى للباحث و الناقد السوري حنا عبود.
الهدف: يهدف البحث لمقارنة تقنية التحضير التقليدية اليدوية مع نظام التحضير اليدوي (PTH) ProTaper و الآلي Universal ProTaper ((PTU من حيث كمية نواتج التحضير المندفعة خارج الذروة.
المواد و الطرق:تألفت العينة من 30 سن و حيد الجذر، بقناة و ثقبة ذروية واح
دة، تم توحيد الأطوال و تحضير فوهة الدخول، تم إتباع طريقة Meyer & Montgomry المعدلة لحساب وزن نواتج التحضير حيث تم تثبيت السن بسدادة مطاطية ضمن أنبوب يحوي آغار 1,5% لمحاكاة النسج حول السنية و من ثم تثبيت هذا الأنبوب ضمن عبوة أكبر لمنع التماس مع الأنبوب الأول، تم وزن الأنبوب الأول قبل التحضير بميزان ذو دقة عالية 10-4 غرام ثم و زنه بعد التحضير و حساب فرق الوزن. تم تقسيم العينة لثلاث مجموعات، المجموعة A تم التحضير بالتقنية التقليدية، المجموعة B بنظام PTH، المجموعة C بنظام PTU.
النتائج: أظهرت نتائج البحث أن جميع الأنظمة المدروسة قد أدت إلى خروج نواتج التحضير من الذروة، و أظهرت طريقة التحضير التقليدية خروج كمية أكبر من نواتج التحضير بالمقارنة مع نظام PTH مع فرق هام إحصائياً حيث أن P=0.024، كما كان الفرق هام إحصائياً بين (PTU &PTH) حيث P= 0.050 حيث سبب نظام PTU اندفاع كمية أكبر من النواتج، و لكن لم يكن هناك فرق هام إحصائياً بين التحضير اليدوي التقليدي و PTU من حيث كميات نواتج التحضير المندفعة من الذروة حيث كانت (P>0.05)
الاستنتاجات: يمكن الاستنتاج في ظروف الدراسة الحالية أن التحضير اليدوي و الآلي سبب خروج كمية من البرادة العاجية و سائل الإرواء خارج الذروة. و قد كان نظام PTH الأقل تسبباً في هذا الاندفاع.
سجل دخول لتتمكن من نشر تعليقات
التعليقات
جاري جلب التعليقات
سجل دخول لتتمكن من متابعة معايير البحث التي قمت باختيارها
